Микроскопы делятся на следующие виды:
Оптические (световые) микроскопы — используют комплект линз для увеличения прозрачных или непрозрачных препаратов до 2000 крат.
Рентгеновские микроскопы — используют электромагнитное излучение и датчики для получения изображений с разрешением между оптическими и электронными микроскопами.
Электронные микроскопы — формируют изображение с помощью направленного пучка электронов и линз, обеспечивая увеличение до 1 миллиона крат.
Сканирующие зондовые микроскопы — используют специальный датчик для исследования поверхности в мельчайших деталях и формирования трёхмерного изображения.
Цифровые микроскопы позволяют выводить изображение на экран, делать снимки и записывать видео. Стереомикроскопы обеспечивают небольшое увеличение, но позволяют наблюдать крупные предметы. Биологические микроскопы используются для изучения прозрачных и полупрозрачных образцов органического и неорганического происхождения. Люминесцентные микроскопы применяют для исследований, основанных на флуоресценции веществ. Поляризационные микроскопы используются для изучения неоднородностей структуры материалов. Металлографические микроскопы используют отражённый свет и специальную систему линз для изучения поверхности непрозрачных материалов.