Виды микроскопов различаются по способу получения увеличенного изображения и предельной кратности:
Оптические (световые) микроскопы: используются для изучения прозрачных или непрозрачных препаратов, обеспечивают увеличение до 2000 крат.
Рентгеновские микроскопы: используют электромагнитное излучение и датчики для получения изображений, занимают промежуточное положение между оптическими и электронными микроскопами.
Электронные микроскопы: формируют изображение с помощью пучка электронов и линз, обеспечивают максимальное увеличение до 1 миллиона крат.
Сканирующие зондовые микроскопы: исследуют поверхность в мельчайших деталях и формируют трёхмерное изображение выбранного участка, но редко используются из-за сложности интерпретации данных.
Цифровые микроскопы позволяют выводить изображение на экран, делать снимки и записывать видео, а стереомикроскопы обеспечивают небольшое увеличение (до 40 крат) для наблюдения поверхности крупных предметов.
